公元16世纪末至17世纪初，女真人的后裔满族日益强大起来。明万历四十四年，努尔哈赤称帝，建立大金政权。明崇祯十六年，皇太极病逝，六岁的顺治皇帝即位。明崇祯十七年，李自成率领农民起义军攻陷北京，崇祯皇帝上吊身亡，明朝覆灭。同年四月，清军与李自成农民起义军在山海关大战，在吴三桂的帮助下，农民起义军大败，五月，辅佐顺治的睿亲王多尔衮率兵进入北京。九月，清朝把国都从沈阳迁到北京。自此，北京再次成为全国的政治、文化中心。

　　清朝接收的北京城未遭兵戎破坏，基本上保留完好，所以清朝“定都京师，宫邑维旧”（《清一统志》），全盘承袭了明朝北京城的建筑格局。对于老城西部的水系格局，清朝也基本没有进行大的变动。只是做了一些小的调整。

　　清顺治八年，皇帝应西域喇嘛所请，拆除了琼华岛上的广寒殿，在其基础上兴建了白塔以及白塔寺。北海的白塔与北海的水面遥相对应，成为北京城内难得的景观。

　　清朝对内城的改造所下的功夫很少，200年间，集中了大量的财力物力，主要用于开发西北部园林风景区，营建了规模空前华丽非凡的离宫建筑群，即“三山五园”。对于内城宫苑的建设，只进行了有限的调整。乾隆时期，对紫禁城西的宫苑进行了大规模修建，扩展了太液池水面，新建了各式殿宇、门座及坛庙建筑，重新疏浚湖池、修建码头，堆山造景、种植花木，使楼阁耸立，亭台错落，风光更加多姿。

　　经过明清两代的建设，太液池从一片林木清幽、建筑纯朴、充满自然美的园林，变成宫殿聚集、人工整饰痕迹明显的宫苑景观区，成为中国古代皇家园林艺术的代表作。

　　紧邻宫苑的什刹海，在明朝就已经是平桥远树、小溪清流，风光旖旎之所。什刹海曾经是北京内城最大的湖泊，也是运河码头。明初建设北京城时，将元大都北城墙整体南移，“海子”被城墙分为两大部分。城墙以外的湖泊，称为泓渟，即大平湖，南侧即为北护城河。北护城河西北角设置水关，通过地下渠道让高粱河水进入城内，流入积水潭（又称西海）。积水潭进水口处建有一座圆形小岛，岛上建有汇通祠，又称镇水观音庵。在积水潭的东南，有一条细长的月牙河（又称小月河）将西海与前海、后海相连，清乾隆年间，权臣和珅在月牙河北岸建府邸，为了美化府前的环境，他曾仿照西湖的苏堤，在前海修筑了一条河堤，堤两边均为宽阔水面。清中后期，河堤西面的水面大幅减少，被称为“西小海”。

　　小月河水自西海注入，水流急湍，两岸古树成行，河面可行小舟，经李广桥、月桥、海子桥、三座桥等，流入西小海。在前海入水口，有一座水闸，因水落差比较大，又称响闸，“石闸听瀑”曾经是什刹海一景。

　　响闸向西分水入西小海，向南分水经西不压桥（也称西步量桥）流入北海和前海。从前海流出的水一部分向经万宁桥东流入通惠河，另一部分向北经银锭桥流入后海。流入后海的河水被称为倒流水。

　　银锭桥是明朝修建的一座形似元宝的桥，桥虽不大但名气很大，主要是银锭桥四周风光旖旎。站在银锭桥上，向西可以远眺西山浮烟青翠的景象，向南可望见翠绿的景山和高耸的北海白塔，向北可以观赏掩映在古树绿柳间的房舍和古城墙，向东能够看到高大的鼓楼、钟楼。再加上桥下湍急的倒流水和湖边迎风摇曳的古树，这里的景观可谓优美之极。清康熙年间诗画大家宋牧仲有诗曰：“鼓楼西接后湖湾，银锭桥横夕照间，不尽沧波连太液，依然晴翠宋遥山。”，到了清代，银锭观山被列入“燕京小八景”之一。

　　清军入关之后，为了加强对皇家宫苑的管理，设立了奉宸苑，规定非皇帝亲赐，任何人不得引用什刹海之水入院。什刹海就成为没有宫墙的禁地。一般人不能引水建园，但能得到皇帝恩赐的王公大臣就把目光投向这里，一座座王府及其花园纷纷建立，包括醇庆王府、恭亲王府、庆王府、涛贝勒府、阿拉善王府等等。

　　什刹海的荷花在明代就比较旺盛，到了清代，莲藕种植面积不断扩大，积水潭、西小海和前海的荷花铺天盖地，每到荷花盛开时京城百姓都要到这里观荷赏景，中元节这里要举办盂兰会，晚上放烟火，点河灯。那时的北京，西山名胜虽多但路途遥远，什刹海就成为百姓的一处消闲所在，每年从农历五月端午到七月十五，在这里开办荷花市场，河堤两侧高搭棚席，商贩云集，小吃、小艺术品应有尽有。

　　到了清末，由于疏于管理，什刹海出现了严重的衰败景象。周围的店铺、茶棚、饭摊、周边居民的大量垃圾污水倒入“海子”，这里变成了臭水坑。每到夏季，这里蚊蝇扑面，臭气熏天，其衰败达到了极点，这种现象持续到北平解放。