元世祖定都大都城后，为解决京城所需的大量物资供给，决定沿用内地的漕运方法。元王朝以旧金太宁宫的主体琼华岛为核心，把三组宫殿环列在湖泊的东西两岸，构筑了皇城。这片水域的南半段（即现在的北海和中海部分）被圈进皇城，改称太液池，成为皇家园林的神圣水脉；而其北段（即现在的什刹海）则成为重要的漕运码头——“海子”（又称积水潭），也就是元朝大运河的终点。当时，沿大运河北上的船队可以通过通惠河直接进入大都城内，停泊在积水潭的宽阔水面上。原在河西务、通州所建粮仓，也随之迁到大都城郊。《元史·郭守敬传》记载，繁盛之时，这里千帆云集，“舳舻蔽水”。
由于漕运和交通的因素，北半部湖泊的沿岸渐渐成为商业中心，也就是元大都“前朝后市”格局中的“市”，其间茶楼酒肆、商铺作坊十分繁华。尤其是前海东岸至钟鼓楼一带，米市、面市、绸缎市、珠宝市、鹅鸭市、果子市……各种店铺鳞次栉比。南北大贾、西域客商充斥于湖边的酒楼歌台。意大利商人马可·波罗就曾把这里的繁华写进了他的著名游记里。
明初，元大都城的北城墙南移，切断了积水潭的上游，只在德胜门下设一铁棂闸分了一部分水进入内城，积水潭的水量大为减少。漕粮水道无法再直通城内，漕运的船只只能在京城东南部的大通桥下停泊。积水潭码头被废弃后，湖泊便逐渐淤积缩小。而这些淤积起来的土地，正好是种植水稻的良田。因而从明代开始，什刹海周边出现了大量的稻田。据历史记载，当时这里种植的水稻有八百余亩，再加上水面上一望无际的荷叶，风光不减江南。据说，这些稻田的开辟是为了慰藉那些随朱棣来北京的将士功臣的思乡之情。当时，这里还建了一座观稻亭，种稻、收稻成了王公贵族们一种精神的消遣、思乡的寄托。
◆游赏聚居地的形成
随着漕运水道的湮塞、大运河终点的东移，什刹海地区的经济意义逐渐让位于它的文化意义。许多王公贵族开始竞相在湖边修建寺庙王府、亭园别墅。私家庭院如明朝大将徐达的别墅太师圃、刘百川的镜园；寺庙如火神庙、净业寺等。与王府、寺庙相随的，是酒楼茶社的兴盛。明清至民国间较有名的如柳泉居饭庄、烤肉季等，相继兴起于此，生意红火非凡。晚清以后，政权更迭，连年战乱，什刹海一带田园荒芜、街道拥挤，湖泊淤塞严重，水面急剧缩小。后来，京城中流传的一句诗“银锭观山水倒流”，反映的其实就是明清以后因银锭桥东侧前海淤积严重而导致的一个特别景观。伴随着清政府的灭亡，这里众多的王府日渐衰败，或者分散为民居，或者转为它用。越来越多的老百姓把这里当做了游赏观景的乐园，平民化的荷花市场就是兴起于这一时期。新中国成立后，人民政府组织了数万人参加疏浚整修什刹海的工程，废田还湖、恢复水面。塌陷的堤岸、淤塞的水道和脏乱破旧的环境发生了根本性的改变。但随着城市现代化的进程，也有一些河道和湖面消失了。
中国大运河于2014年成功申遗，成为北京第七处世界文化遗产。作为大运河文化带上的全国重点文物保护单位，什刹海必将迎来更加美好的明天。
